GO! ouders heeft net als elke vzw een Algemene Vergadering en een Raad van Bestuur.
De Algemene Vergadering is het hoogste orgaan van de vzw, die de begroting goedkeurt en de rekeningen controleert, de bestuursleden aanduidt en het beleid van GO! ouders uitstippelt. Tot de Algemene Vergadering mag eender wie toetreden die lid is van een vereniging of schoolraad verbonden aan een instelling van het GO!. Het mandaat van de Algemene Vergadering wordt iedere twee jaar vernieuwd.
De Raad van Bestuur is bevoegd voor de leiding van GO! ouders, de financiële uitgaven, de uitvoering van het beleid, de aanstelling van personeel en het vertegenwoordigen van de vereniging.
Voor de vervolmaking van de opdrachten in de beheersovereenkomst met het Departement Onderwijs van het Ministerie van de Vlaamse Gemeenschap laat de Raad van Bestuur zich bijstaan door bezoldigd personeel.